Sejarah berdirinya Rumah Sakit Bhayangkara diawali pada saat Makodak X Jawa Timur (sekarang Markas Polda Jatim) pindah ke lokasi baru di jalan Ahmad Yani Surabaya.Bersamaan itu pula dibangun gedung Dinas Kesehatan Kodak X Jawa Timur (sekarang Bidang Kedokteran dan Kesehatan Polda Jatim) beserta Rumah Sakit yang diresmikan penggunaannya pada tanggal 27 Oktober 1988.

            Bangunan Rumah Sakit Bhayangkara ini terletak diatas tanah seluas 27.000 m2, satu komplek dengan Mako Polda Jatim, berkedudukan di Surabaya bagian Selatan tepatnya di Jalan A. Yani No. 116 Surabaya dengan fasilitas yang masih sederhana yaitu meliputi Poliklinik Umum, Poliklinik Jantung, Poliklinik Spesialis Jiwa, Poliklinik Gigi, Laboratorium sederhana, Rawat Inap dengan 48 tempat tidur, alat rontgent dan dokter jaga 24 jam.

            Berdasarkan Surat Keputusan Kapolri No.Pol.: Skep/262/VI/1989 tanggal 22 Juni 1989, Rumah Sakit Bhayangkara dinyatakan sebagai Rumah Sakit tingkat IV. Selanjutnya pada Tahun 1994 Berdasarkan Skep Kapolri No.Pol.: Skep/1774/XI/1994 tanggal 30 Nopember 1994 status Rumah Sakit Bhayangkara Polda Jatim berubah menjadi Rumah Sakit Tingkat III.

            Pada tahun 1995, Rumah Sakit Bhayangkara berkapasitas 82 tempat tidur termasuk ruang kelas (Rawat Inap) dan menambah layanan poliklinik sehingga mampu memberikan pelayanan terhadap penyakit anak, penyakit dalam, penyakit jantung, penyakit kebidanan, penyakit bedah tulang, penyakit bedah umum, penyakit kulit dan kelamin, penyakit syaraf, penyakit jiwa, dengan fasilitas pendukung antara lain Radiologi, Laboratorium patologi klinik dan fisioterapi serta kamar obat. Tenaga Medis Rumah Sakit Bhayangkara saat itu adalah 13 dokter spesialis, 20 dokter umum dan 9 dokter gigi.

            Pada tahun 2000 Rumah Sakit Bhayangkara Polda Jatim menerima alat kesehatan soft loan atau bantuan pinjaman lunak dari Pemerintah Spanyol, untuk mendukung kesejahteraan kesehatan demi keberhasilan Polri dalam pelaksanaan tugas operasional di Polda maupun Kewilayahan, sesuai dengan surat perintah Kapolri No.Pol.: Sprin/1892/VII/2000 tanggal 6 Juli 2000 untuk menerima dan meneliti alkes Polri dan memasukkan dalam daftar IKMN.

            Selanjutnya pada bulan Nopember 2000 sampai dengan Januari 2001 dilakukan pembangunan sebagai berikut : Pembangunan gedung otopsi, untuk Instalasi Forensik yang bekerjasama dengan RSUD Dr.Soetomo. Renovasi ruang-ruang Poliklinik spesialis, Renovasi OK, RR(Recovery Room) ICU dibangun di lokasi depan. Pembangunan 10(sepuluh) garasi untuk Ambulans baru dan lama. Pembangunan 2(dua) ruang genzet disamping UGD didepan Zaal A

            Pada tanggal 12 agustus 2001 Rumah Sakit Bhayangkara Surabaya telah memiliki Apotek untuk melayani kebutuhan pasien umum dengan berdasarkan Surat Kadinkes Prop Jatim No: 442/11.9/115.2.2001, tanggal 12 agustus 2001 perihal persetujuan penempatan Kepala Unit Farmasi Rumah Sakit Bhayangkara Surabaya dan Sprin Karumkit Bhayangkara Surabaya No.Pol. : Sprin 41/IX/2001/Rumkit, tanggal September 2001 tentang pelaksanaan pengadaan obat-obatan dan Alkes Rumah Sakit Bhayangkara Surabaya.

            Pada tahun 2001 dengan Skep Kapolri No.Pol.: Skep/1549/X/2001 tanggal 30 Oktober 2001 Status Rumah Sakit Tingkat III berubah menjadi Rumah Sakit Tingkat II, dan pengesahan nama Rumah Sakit Bhayangkara Surabaya Polda Jatim jadi RS. Bhayangkara H.S. Samsoeri Mertojoso.

            Tanggal 25 Januari 2002 dilakukan peletakan batu pertama dimulainya pembangunan Instalasi Rawat Jalan RS.Bhayangkara HS. Samsoeri Mertojoso oleha Kapolda Jatim. Selanjutnya bertepatan dengan hari Bhayangkara pada tanggal 1 Juli 2002, diresmikan penggunaan gedung instalasi gawat darurat (UGD), poli umum, poli spesialis anak, poli spesialis jantung, poli spesialis kulit, poli spesialis penyakit dalam, poli spesialis penyakit paru, poli spesialis THT, poli spesialis psikiatri, poli spesialis syaraf, poli spesialis mata, poli spesialis penyakit bedah, poli gilut, fisioterapi, laboratorium, ruang teknik gigi, dan apotek.

            Pada Tanggal 12 Mei 2004, diresmikan Gedung Pusat Pelayanan Terpadu Jawa Timur yang menangani kasus-kasus kekerasan terhadap perempuan dan anak-anak secara terpadu oleh Gubernur Jatim.

            Disamping pembangunan yang telah dilakukan, Rumah Sakit Bhayangkara juga melakukan kerjasama pelayanan kesehatan dengan PT ASKES, PT JAMSOSTEK, PT HARLENT, dan PT ADN ARSA DWI NIRMALA. Pada tahun 2007, RS.Bhayangkara Surabaya mengadakan Ikatan Kerjasama dengan bagian/SMF Ilmu Kesehatan anak RSU Dr Soetomo dan Fakultas Kedokteran Universitas Airlangga tentang Bantuan tenaga dokter spesialis dalam peningkatan pelayanan medik spesialistik dengan Surat Perintah Karumkit nomor: B/05/MOU/UI/2007/RUMKIT

            Pada tahun 2009 RS Bhayangkara HS. Samsoeri Mertojoso Surabaya Terakreditasi penuh, dengan lima pelayanan dasar pada tanggal 9 Juni 2009 dengan Surat Keputusan nomor: YM.01.10/III/2100/09. RS Bhayangkara Surabaya di Tahun 2009 juga bekerjasama dengan Fakultas Kedokteran Universitas Hang Tuah tentang pendidikan Dokter Muda I dan Dokter Muda II dengan Surat Perintah Karumkit Nomor : B/01/MOU/1/2009/RUMKIT. Dan juga telah melakukan kerja sama dengan Askes tentang pelayanan obat untuk pasien askes.

            Pada Bulan Nopember 2010, berdasarkan PP No.23 tahun 2005, dengan nomor Keputusan Menteri Keuangan NOMOR 429/KMK.05/2010 RS.Bhayangkara TK II. Surabaya dinyatakan PK BLU penuh. Pada tahun 2011 telah dilakukan kerjasama dengan PT. Maspion dan dilakukan survey akreditasi tingkat lanjut 12 pelayanan oleh Tim KARS pusat.